Informa que los biocombustibles y los cultivos biofarmacéuticos son dos modalidades emergentes de usos no alimenticios que pueden tener los cultivos agrícolas. Para algunos estudiosos implican oportunidades; para otros, son amenazas. Un componente común entre ambos es la utilización de maíz ya sea como materia prima {BF}para biocombustibles{BF} o como biofábrica {BF}cultivos biofarmacéuticos{BF}, hecho que para el caso mexicano plantea serios retos que son abordados en este artículo. Asimismo se analizan distintos tipos de biocombustibles y biofarmacéuticos y algunas de sus implicaciones sociales, económicas y ambientales. Finalmente se reflexiona sobre la importancia de sostener un enfoque de innovación con precaución para dar pasos sólidos en torno a las alternativas que se les presentan a los diferentes actores involucrados.