Evalúa in situ la reacción de 50 materiales genéticos de tres especies de Theobroma(T. cacao, T. grandiflorum y T. bicolor) a la inoculación controlada de tres aislados autóctonos de Moniliophthora roreri (agente causal de la moniliasis del cacao) en el Departamento de Caquetá (Amazonia colombiana). Las variables incidencia de la enfermedad (IMr), severidad externa (SE) y severidad interna (SI), se evaluaron nueve semanas después de la inoculación de mazorcas de 2 a 3 meses de edad con una suspensión de esporas de 1,2 x 105 esporas/mL. La enfermedad se evidenció en las tres especies de Theobroma, sin embargo, ésta no se presentó en 13 de los 50 materiales genéticos evaluados, representados así: seis T. grandiflorum, cinco T. bicolor y dos T. cacao. Los materiales genéticos de T. bicolor y T. grandiflorum fueron los menos afectados comparados con los de T. cacao. Se encontraron diferencias significativas para IMr, SE y SI entre las tres especies de Theobroma y entre los 50 materiales genéticos. Diferencias significativas entre los aislados solo ocurrieron para SE. La incidencia y la severidad de la enfermedad entre materiales genéticos, fueron influenciadas por el patógeno aislado. Los materiales genéticos con menor reacción a M. roreri pueden ser utilizados en programas de mejoramiento por resistencia a la moniliasis.